故事主轴延续海洋航空815班机摧毁在荒岛上后的44天，焦点放在生还者和其他人(the Others)的冲突成长，以及科学与信仰之间的冲突。于神秘事物的解决、新问题产生同时，机尾部份的生还者和岛上其他居民等新角色陆续登场。对于生还者们的过去描述也更加深入。随着探查舱口，发现了“达摩计划”(DHARMA...)和其背后的支助单位“汉索基金会”（The Hanso Foundation）的详细情形。神秘的“其他人”展开行动，其中一个生还者背叛了大家，也揭发飞机失事的原因。
戴斯蒙德从凯文尔那里得知，有一把钥匙可以摆脱他们周而复始不停输入字符的困境。他跟踪凯尔文来到一处海滩，发现了自己的小船，原来凯尔文想乘船离开，争斗中凯尔文被误伤，戴斯蒙德拿走了他的钥匙，赶回舱中的戴斯蒙德险些来不及输入字符，整个舱开始剧烈摇晃，几乎崩溃。戴斯蒙德从文件记录中发现航班的坠毁正是自己那次…
杰克、萨伊德和索耶游向海中的船，意外地在舱中发现戴斯蒙德，将其带回岛上。戴斯蒙德绝望地告诉杰克，他们永远无法离开小岛。萨伊德很肯定地向杰克表示，迈克尔已经背叛，正准备带他们进入一个陷阱，他决定利用戴斯蒙德的小船，由水路进发，对“其他人”的营地出其不意地进行侦查，并约定以黑色烟雾为信号与他们会合，他要…
舱中的惨剧发生之后，迈克尔再也不愿拖延，表示要立刻采取行动，救回沃尔特。杰克决定先安葬安娜和莉比，再商议与“其他人”的最后一战。此前迈克尔在寻找沃尔特的时候，遭遇了“其他人”并被他们俘获，然后被带到他们的营地——另一处海滩，采取了血样。他见到了儿子，“其他人”提出条件，只要他设法救出被杰克等人抓住的…
