杨康之子杨过自幼流落江湖，被故人郭靖收留后又送到了全真教磨练。叛逆的杨过忍受不了折磨，逃出全真教误入古墓派，被小龙女收留，授以武功。后因李莫愁攻入古墓而面临生死，二人由师徒之谊发展成了刻骨铭心的爱恋。因为蒙古铁骑即将南下，郭靖等人等难以匹敌，关键时刻，小龙女和杨过无意中卷入纷争，打败金轮国师。但好事...多磨，杨过与小龙女多次聚散，在经历了武林大会、襄阳鏖兵，绝情幽谷等等险境后，更有十六年的生离死别。痴情的杨过终于在绝情谷底找到了大难不死的小龙女，二人重返世间。此时蒙古正调集人马，猛攻襄阳，杨过击败了金轮法王，并以飞石击毙了蒙古皇帝蒙哥，为襄阳保卫战的胜利立下首功，战事结束，杨过小龙女告别郭靖等人，带着神雕，悠然远去。
金轮法王挟持郭襄迫令郭靖投降，黄药师等均无法杀入蒙古军重围救出郭襄，郭靖决意弃郭襄全力保护襄阳城。后杨过及时赶至与小龙女合力杀金轮法王，郭襄得与家人重聚。耶律齐死守襄阳城门，被蒙古大军围攻，后得杨过解救，合力赶走蒙古大军，襄阳城暂得安守太平。众人上华山拜祭洪七公与欧阳锋，均感到华山五绝所存无几，感慨…
郭襄与杨过在崖底相遇后，力劝杨过不要自尽，杨过大为感动，令神雕背负郭襄上崖。郭襄上崖后发现金轮法王已被黄蓉制服，众人于是设防下崖抢救杨过，金轮法王骗得郭襄为其解开穴位，更强行带走郭襄。黄蓉等找郭襄不果，得闻襄阳城危急，决定返城助郭靖抗蒙古大军。杨过在崖底发现玉蜂巢，于是决定潜入潭底秘道中，终在幽谷中…
黄蓉担心郭襄下落，四处找寻爱女踪迹，不果，失望之余遇周伯通，无意中发现玉蜂上均有“我在绝情谷”字样，联想到是小龙女所刻，于是决定到绝情谷找寻小龙女。金轮法王欲收郭襄为徒，郭襄定要金轮法王打赢杨过方答应，金轮法王于是答应前往应战杨过。黄药师与杨过交谈时，说出根本无南海神尼其人，杨过失望之余与黄药师分手…
