この国は長引く大不況によって破滅的な財政破綻に陥り、治安が急激に悪化した。 弱体化した日本政府に代わって台頭したのが巨大多国籍企業……黒田財閥。しかしその一方で、黒田源一(阿部祐二)率いる黒田財閥がその機に乗じて国家転覆を企んでいるという噂も一部で囁かれていた……。 黒田財閥は、天才科学者別府数馬(鳥肌実)を秘密兵器とし、ある目的のために人身売買をし、人体実験を繰り広げていたのだ。その裏を突き止めるべく、政府は非合法活動を専門に扱う特殊任務部隊"極楽"を結成。 極楽とは、御影万作(ルー大柴)を総司令官とする部隊であり、その極楽が秘密裏に結成したのが特殊忍者部隊「LADY NINJA」である。 LADY NINJAの一員である御影亜矢(葉加瀬マイ)と九条小夏(赤井沙希)らは、黒田財閥との闘いに挑む。 彼女たちを待ち受けていたのは数々の強敵、死と隣り合わせの事件。 期待と裏切り。友情、愛情、真実とは……。知能犯との闘いは一筋縄ではいかなかった。
