该剧场版是由原作者镰池和马担当故事原案和构成的完全新作。讲述在学园都市制作的宇宙升降机"恩底弥翁"完成在即之时,上条当麻和茵蒂克丝与拥有"奇迹"的歌声的少女鸣护阿丽莎相遇,然而阿丽莎却是会引发魔法世界和科学世界之间的战争,故事也由此展开。